Laboratoire chez Def Systèmes

Def Systèmes : l’éditeur des logiciels de la génétique

Dossier : Dossier FFEMagazine N°726 Juin/Juillet 2017
Par Pierre FRAISSE (80)

La génétique est une discipline particulière.
Pour quelles raisons ?

C’est d’une part un ensem­ble de dis­ci­plines, à cheval entre clin­ique et biolo­gie ; la con­fi­den­tial­ité en géné­tique est plus con­traig­nante que dans les autres secteurs de la biologie. 

Ensuite elle néces­site des tech­niques longues, des prélève­ments plus déli­cats qu’une sim­ple prise de sang (liq­uide amni­o­tique, moelle), des proces­sus com­plex­es (cul­tures de cel­lules par exemple). 

Enfin et surtout, elle est en muta­tion con­stante de par l’évolution des con­nais­sances et des outils. 

Quelle est votre équipe ?

Com­posée d’une dizaine d’ingénieurs et de biol­o­gistes de haut niveau, l’équipe de Def Sys­tèmes est en capac­ité de gér­er tout le cycle pro­duit, de la con­cep­tion à l’assistance client. 

Con­sacrant près de 30 % de son bud­get en recherche et développe­ment, elle reste en veille per­ma­nente en par­ti­c­uli­er pour l’interopérabilité, l’architecture de solu­tions et les out­ils de développe­ment, de tests, de com­mu­ni­ca­tion réseau. 

Quelle est la force de vos équipes ?

Un édi­teur de logi­ciel n’a pas seule­ment oblig­a­tion de répon­dre à un cahi­er des charges. Il doit com­pren­dre le méti­er, le domaine, la tech­nique, le fonc­tion­nement et les besoins futurs de ses clients. En l’occurrence pour con­stru­ire notre pro­duit, nous devons com­pren­dre les généti­ciens et leurs expérimentations. 

Nous devons être en com­plète syn­ergie avec la branche d’activité pour laque­lle nous four­nissons une solu­tion : Def­GEN est « cen­tral » pour les util­isa­teurs, c’est leur quo­ti­di­en. Comme notre pro­fes­sion est en évo­lu­tion rapi­de et per­ma­nente, c’est assez distrayant ! 

Où intervenez-vous dans la chaîne de la génétique ?

His­torique­ment, Def Sys­tèmes a été fondé par Bruno de Fréminville. Elle émane d’une société de ser­vices infor­ma­tiques clas­sique avec de jolies références indus­trielles. Il y a une quin­zaine d’années, elle a recen­tré ses activ­ités sur la seule activ­ité bio­médi­cale, et par­ti­c­ulière­ment DefGEN. 

Le progi­ciel Def­GEN, c’est le cœur de l’activité d’un ser­vice ou d’un lab­o­ra­toire, cela gère l’enchaînement des tâch­es, la traça­bil­ité, les sta­tis­tiques d’activité, l’interopérabilité, etc. Il a évolué, en antic­i­pa­tion du besoin, et en respec­tant la con­ti­nu­ité des sites instal­lés, depuis plus de 15 ans. 

Il doit s’intégrer dans le sys­tème d’information exis­tant d’une part, et avec les plateaux tech­niques d’autre part. 

À qui s’adressent vos solutions ?

Le progi­ciel est pro­posé aux cen­tres hos­pi­tal­iers uni­ver­si­taires, aux cen­tres anti­cancéreux et aux entre­pris­es privées, dis­posant de l’agrément min­istériel con­di­tion­nant l’exercice de cette spécialité. 

Travaillez-vous en collaboration avec des partenaires ?

Nos clients sont nos pre­miers parte­naires. Def Sys­tèmes noue depuis l’origine des bonnes rela­tions avec des édi­teurs de logi­ciels présents sur le marché de la san­té, comme Leica, Meta­sys­tems, et d’autres, ain­si que des spé­cial­istes, des tech­ni­ciens de l’analyse biologique. 

Ce sont des rela­tions de parte­nar­i­ats très complémentaires ! 

Quelles sont vos dernières pistes de travail ?

Def Sys­tème développe des mod­ules adap­tés à des micro dis­ci­plines. Récem­ment, nous avons élaboré trois implé­men­ta­tions spé­ci­fiques pour le diag­nos­tic pré­na­tal, la ges­tion de l’oncogénétique famil­iale (étude des prédis­po­si­tions famil­iales à un ou plusieurs can­cers) et l’anatomopathologie (étude des lésions tissulaires). 

Bien d’autres dis­ci­plines sont déjà dans les cartons… 

Tournez-vous vos activités vers l’international ?

Nous envis­ageons de nous tourn­er vers les pays fran­coph­o­nes (Benelux, Suisse, Cana­da…). Nous investis­sons peu en com­mu­ni­ca­tion ou en mar­ket­ing, tout sim­ple­ment parce que nous n’en avons pour l’instant pas besoin ! 

Nous avons été jusqu’à présent coop­tés par nos pro­pres clients. Notre développe­ment s’est fait jusqu’à aujourd’hui de bouche à oreille ! 

Qu’en est-il de votre actualité anglo-saxonne et asiatique ?

Nous réfléchissons à une ver­sion inter­na­tionale, mais surtout des relais à l’étranger : il faut adapter le paramé­trage à chaque proces­sus biologique et accom­pa­g­n­er tech­nique­ment chaque nou­veau client, si pos­si­ble sur site, et oblig­a­toire­ment dans sa langue. 

Votre produit est-il certifié ?

Nous sommes engagés dans une démarche de cer­ti­fi­ca­tion de la société ; la qual­ité est au cen­tre de nos proces­sus et de notre pro­duit depuis son origine. 

Def­GEN doit oblig­a­toire­ment per­me­t­tre aux lab­o­ra­toires et aux cen­tres anti­cancéreux de cer­ti­fi­er leurs proces­sus, notam­ment con­cer­nant la traça­bil­ité et la con­fi­den­tial­ité. Notre logi­ciel est ain­si fon­da­men­tal pour nos clients. 

Il con­tribue à décrocher une cer­ti­fi­ca­tion de qual­ité par le Cofrac (comité français d’accréditation) et la Com­mis­sion nationale de l’informatique et des libertés ! 

Que faites-vous de la confidentialité ?

La con­fi­den­tial­ité est inhérente au domaine de la géné­tique. Nos logi­ciels doivent per­me­t­tre à nos clients de la gér­er avec rigueur. 

Nous sommes, par exem­ple, très réti­cents à tout déploiement dans une archi­tec­ture de type « cloud ». Des mesures « d’identito-vigilance » sont intégrées. 

Vers quoi vos recherches se dirigent-elles ?

Le plan France Médecine Génomique 2025 a été remis au Pre­mier min­istre Manuel Valls par Yves Lévy, Prési­dent de l’Alliance nationale pour les sci­ences de la vie et de la san­té, piloté et soutenu par l’État, il vise à posi­tion­ner, d’ici dix ans, la France dans le pelo­ton de tête des grands pays engagés dans la médecine génomique et de faire émerg­er une fil­ière médi­cale et indus­trielle nationale en médecine génomique et d’exporter ce savoir-faire. 

« NOUS AVONS DÉVELOPPÉ AUJOURD’HUI DES MODULES ADAPTÉS À DES MICRO DISCIPLINES. RÉCEMMENT, NOUS AVONS ÉLABORÉ TROIS IMPLÉMENTATIONS POUR LE DIAGNOSTIC PRÉNATAL, POUR LA GESTION DE L’ONCOGÉNÉTIQUE FAMILIALE ET POUR L’ANATOMOPATHOLOGIE »,
EXPLIQUE PIERRE FRAISSE.

Cette révo­lu­tion va dévelop­per des plate­formes régionales en analyse de génome inté­gral. Pour accom­pa­g­n­er ce mou­ve­ment, nous nous posi­tion­nons auprès des régions concernées. 

D’ores et déjà, nous déployons des com­posants à même de traiter les analy­ses « NGS » (Nou­velle généra­tion de séquençage haut débit). 

Quel sera votre rôle ?

Def Sys­tème assur­era la mis­sion oblig­a­toire de traça­bil­ité et de traite­ment des don­nées. Il cherchera à opti­miser les résul­tats, à fournir les meilleures infor­ma­tions aux ingénieurs bios et biol­o­gistes pour qual­i­fi­er les répons­es les plus pertinentes. 

L’essentiel de nos recherch­es est de pou­voir aujourd’hui se con­necter et de s’interfacer avec tous les proces­sus de traite­ment génétique. 

Avez-vous un autre axe de développement ?

L’innovation ! Par exem­ple, en cas de sus­pi­cion d’une patholo­gie famil­iale, le patient passera par un pro­to­cole d’investigation.

Notre rôle sera de faciliter l’application automa­tisée et de don­ner le max­i­mum d’informations per­ti­nentes aux biol­o­gistes et médecins pour décider, voire automa­tis­er les enchaîne­ments de tech­niques biologiques à appliquer. 

Vous vous dirigez vers des logiciels très perfectionnés…

Notre logi­ciel doit offrir aux spé­cial­istes la pos­si­bil­ité de définir leurs pro­to­coles, men­er leurs enquêtes et d’arriver à leurs résul­tats. Nous sommes aujourd’hui presque dans du métapro­gramme, du sys­tème expert…

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